Der Schutzvertrag mit der Stadt Feldkirch macht sich während der Appenzellerkriege in den Jahren 1401 bis 1429 bezahlt. Die Appenzeller Bauern und die Stadt St. Gallen lehnen sich in diesem Krieg gegen die überzogenen Forderungen des St. Galler Abtes Kuno von Stoffeln auf und schliessen einen Bund. 1402 zerstören die Verbündeten die nahe Appenzell gelegene, aber dem Abt von St. Gallen gehörende Burg Clanx. Danach löst die Stadt St. Gallen, die einem Schiedsspruch der schwäbischen Bodenseestädte Folge leistet, den Bund mit Appenzell einseitig auf. Um weiterhin für kriegerische Auseinandersetzungen gewappnet zu sein, schliessen sich die Appenzeller dem eidgenössischen Ort Schwyz an und gewinnen mit dessen Hilfe mehrere Schlachten gegen die Heere der Abtei St. Gallen und Österreichs. Dass Österreich zur Unterstützung des St. Galler Abtes in den Konflikt eingreift, erhöht für das Rheintal inklusive Balgach die Gefahr, in den Krieg hineingezogen zu werden. Tatsächlich versucht im Juni 1405 ein habsburgisches Heer über das Rheintal ins Appenzell vorzudringen, wird aber bei Altstätten zurückgeschlagen.

Balgach gehörte einer Allianz an, die in wechselnden Koalitionen alles unternimmt, um den eigenen Schaden möglichst klein zu halten. Ganz gelingt ihr das nicht: 1428 sind eine ganze Reihe gewalttätiger Übergriffe auf Balgacher Bürger (Hofleute) und Priester seitens der Appenzeller bezeugt. Alles in allem haben die Appenzeller Kriege jedoch zur Folge, dass das Rheintal näher an die eidgenössischen Orte rückt.


Bild: Der Appenzeller Volksheld Ueli Rotach soll in der Schlacht am Stoss von 1405 fast ein Dutzend Gegner erschlagen haben, bevor er selbst in einer brennenden Scheune umkam.